大报恩寺位于南京市秦淮区中华门外，是中国历史上最古老的佛教寺庙，前身为东吴赤乌(238─建初寺和阿育王塔建于250年，是继洛阳白马寺之后中国的第二座寺庙，也是中国南方建造的第一座佛教寺庙。中国佛教中心与灵谷寺、天界寺并称金陵三大寺庙，下辖百寺。

大报恩寺是明成祖朱棣为纪念明太祖朱元璋和马皇后而建造的。明永乐在建初寺原址重建十年(1412年)，历时19年，耗费248.5万白银、10万军事和民夫。大报恩寺建设极为精致，完全按照皇宫标准建造，金碧辉煌，昼夜通明。整个寺院规模极大，有殿阁30多座，僧院148间，廊房118间，经房38间，是中国历史上规模最大、规格最高的寺院，是百寺之首。

大报恩寺玻璃宝塔高达78.2米，全部用琉璃烧制。塔内外有146盏长灯。自建成以来，它一直是中国最高的建筑，也是世界建筑史上的奇迹。它位列中世纪世界七大奇迹。当时被西方人视为代表中国的标志性建筑，被誉为中国古董，永乐窑。

从2007年初到2010年，南京博物馆考古部对南京大报恩寺遗址进行了全面系统的考古发掘，先后发现并清理了明代大报恩寺的香水河桥、中轴线主干道、天王殿、大殿、观音殿、法堂，以及建于北宋大中祥符四年(1011年)的长干寺真塔宫和北侧的画廊基础。以七宝阿育王塔、金棺银棺为代表的大量珍贵文物出土，获得了极其重要的考古收获。截至2010年中，油库、画廊、伽蓝殿等建筑遗迹仍在清理发掘中。

大报恩寺南区与北区的建筑格局完全不同。它不是按照中轴线排列的，而是分为四个相对独立的庭院，分别承担不同的功能。它的西部是储藏经书、经板的地方，名为藏经殿，收藏了全套《永乐南藏》的大藏经板。中间有两个庭院，北面的庭院是寺院管理机构的所在地，主要包括方丈室、仓库等。偏南的院落叫三藏殿，是僧人习法参禅的地方。三藏塔供奉玄奘骨舍利的三藏塔就在这个地区。最东部叫檀香林，是和尚吃饭休息的地方。

在大报恩寺，琉璃塔是最著名的单体建筑，九级八面，高达78米。它是当时中国最高的建筑，装饰着五颜六色的玻璃，被誉为世界第一塔。

基于文物保护的最小干扰和可识别原则，现在现场公园备受关注的玻璃宝塔没有按照历史原样重建，而是以轻钢框架玻璃保护塔的形式重建，在完全保护现场的前提下赋予其象征意义和内涵，留给每个人对逝去的宏观结构和无限的想象。