依山而造，始建于北宋大中祥符元年（1008），建时赐额为禅宗寺院。 近千年来，寺院屡经修建，明弘治六年（ 1493 年），由于年久失修，寺宇破败，寺中僧人德庆和惠福两人进行重修。明万历四十六年（ 1618 年）、清康熙三十三年（ 1694 年）、同治七年（ 1868 年）又进行多次修理，最后定名为善法寺。党的十一届三中全会之后，寺院恢复生机。 1983 年，南山善法寺被列为重点文物保护单位。 1985 年 11 月被批准为对外开放宗教场所。之后，南山善法寺在各级政府的关怀和各届人士的支持下，相继修建了山门、天王殿、药师殿、圆通殿、大雄宝殿、三圣殿、观音殿、玉佛殿、月桂亭、九龙壁、七宝塔等景点。全国政协副主席、中国佛教协会会长赵朴初题写了寺名、大雄宝殿和玉佛殿殿名。殿内有上千尊佛像，形态各异，栩栩如生。现在，寺院占地面积 20 亩，由 10 间厢房及 8 间斋堂组成。
2009年12月13日，浙江省台州市路桥区南山善法寺隆重举行了建寺千年庆典暨药师宝塔奠基法会。